万石山
实为构成厦门岛主林的山脉，因岩奇石怪、千姿百态而得名。厦门园林植物园处于其中，占据万石山最大最秀美之区域，因而又称万石植物园。景区以山岩景观和亚热带植物景观为主。厦门名景中“天界晓钟”、“万笏朝天”、“中岩玉笏”、“太平石笑”、“高读琴洞”等均在于此。植物园的各个景点内大多别有洞天，如百花厅的鲤鱼洞，海会桥下的“小桃源”石室洞天，新碑林中大大小小的奇洞异石等，游历期间别有一番趣味。
松杉园
松杉园
位于万石湖西边，园内有小池一口，池边有松鹤亭，亭的对面有一块岩石刻着"松鹤园"三字，池中有五只仿真白鹤，有的展翅欲飞，有的停立水中观望，有的觅食池中，有的休息，各种形态都很逼真。园内种植的松、杉、柏、桧等七八十种，其中最引人注目的有古代孑遗植物－－水杉、银杏，这是200万年前冰川年代遗留下来的稀贵的树种，被人们称为"活化石"。此外，还有世界四大观赏树，即中国金钱松、日本金松、南洋杉、意大利柱柏。这几种树，树姿优美，百看不厌，被称为风景树。松杉园后面还有前美国总统尼克松访华时赠送的"世界爷"－－红杉以及智利南洋杉等。
仙人掌世界
沿环山公路行至半山腰，便是仙人掌世界。占地面积4万平方米，主展区含室外展区和展览温室两大部分。室外展区的大型多肉植物和仙人掌类雄伟壮观，在室外进行大规模的仙人掌植物造景，这在国内还是第一次。这里有从澳大利亚引进的形如巨瓶的瓶干树，体型高大的象腿树、酒瓶兰、露兜树和各种仙人掌：展览温室里形态各异的仙人掌与多肉植物争奇斗艳，这里有国内自行栽培最大的，在全国首届花博会、香港花卉展览和昆明世界园艺博览会中屡获殊荣的金琥王，有国内罕见的鬼、神仙玉、龟纹木棉、青紫葛、武伦柱，还有从南非引种的生石花、棒叶花等小巧玲珑、亲亲可人的多肉植物小盆栽，展示出一个琳琅满目的仙人掌世界。
标本楼
标本楼
是一个万紫千红的百花园，一年四季花期常在。春有杜鹃、三色槿；夏有凤仙、荷花；秋有桂花、菊花；冬有腊梅、一品红等。观花的有月桂、万寿菊；观叶的有文竹、变叶木；观茎的有佛肚竹、竹节蓼；观果的有佛手、四季桔；观芽的有银柳等。此外，还有世界十大名花：即"花魁"的梅花、"花中之王"的牡丹、"花中皇后"月桂、"高风亮节"的菊花、"花中君子"兰花、"花中西施"的杜鹃、"花中珍品"茶花、"水中芙蓉"荷花、"凌波仙子"水仙花以及芍药、厦门市花三角梅（红、橙、白、紫均有）。还有世界名花，如非洲的鸡冠花、长寿花、天竺葵，美洲的长春花、月下香、竹节海棠、欧洲金鱼草、南洋白纸扇、狗尾红等。在标本楼中，最引人注意的是一盆古榔榆盆景，树龄300多年，造型优美，已制成盆景邮票，1972年，曾送北京参加全国盆景展览。
