大昭寺始建于七世纪吐蕃王朝的鼎盛时期，建造的目的据传说是为了供奉一尊佛像。大昭寺共修建了三年有余，因藏语中称“山羊”为“惹”，称“土”为“萨”，为了纪念白山羊的功绩，佛殿最初名为“惹萨”，后改称“祖拉康”（经堂），又称“觉康”（佛堂），全称为“惹萨噶喜墀囊祖拉康”，意即由山羊驮土而建的。“大昭”的名字据说与始于15世纪的“传昭大法会”有关。
根据那些吐蕃书的记载，文成公主为了镇伏“恶道之门”，将觉阿佛像（即十二岁身量之释迦佛像、释迦牟尼十二岁等身像、觉阿释迦像）留在绕木齐（热模切，惹冒切），然后在绕木齐建小昭寺（热模切神殿，惹冒切寺）。“此处尚有恶道之门，绕木齐下有龙神宫殿，当迎觉阿像安住于此，即能镇伏”“文成精于星算风水之术，审观藏土地形，乃女岩魔仰卧之状。心知若能迎觉阿佛像供龙宫顶，则可镇压之。遂即就其处，暂置佛像，四方竖立四柱……供养释迦佛”“文成公主亦从内地招来精工巧匠，修建热模切神殿”……
止唐军夺走觉阿释迦像（即释迦牟尼十二岁等身像）。而将其藏在大昭寺，以泥封住，并绘文殊像，“此后又盛传唐军入藏，急将觉阿释迦像迎至神变寺，藏于南镜门内，以泥封门，别绘一文殊像以掩之”“未儿，唐军果至，纵火烧布达拉宫，未能将觉阿佛像迎走，乃将不动佛像运至半日程地。”“彼传闻唐军将抵吐蕃，乃将十二岁身量之释迦佛像置于大昭寺南镜门，门上涂以灰泥、并绘文殊菩萨佛像”……
为了防止唐军夺走佛像，藏起了觉阿释迦像（即释迦牟尼十二岁等身像），却不藏起不动金刚像（即释迦牟尼八岁等身像），导致唐军“将不动佛像运至半日程地”……由此观之，吐蕃人更看重文成公主带去的觉阿释迦像（即释迦牟尼十二岁等身像）。后来金城公主在大昭寺找出了十二岁身量之释迦佛像（即觉阿像），供奉于净香室（大昭寺的一部分）……“至神变殿，方知觉阿像暗藏于南镜门，乃将门开启，映出觉阿像，安置于殿后净香室中心……”
按照此记载，文成公主将觉阿佛像（即十二岁身量之释迦佛像、释迦牟尼十二岁等身像、觉阿释迦像）留在绕木齐，然后在绕木齐建小昭寺，吐蕃人为了防止觉阿佛像被抢走，而将觉阿佛像转移并隐藏到了大昭寺，后来金城公主取出觉阿佛像、供奉在大昭寺。并没有金城公主将觉阿佛像转移到大昭寺，也没有金城公主将不动金刚像（即释迦牟尼八岁等身像）转移到小昭寺，反而有吐蕃人将觉阿佛像转移到大昭寺，吐蕃人为了防止觉阿佛像被夺走而将其藏起，却不藏起不动佛像导致别人“将不动佛像运至半日程地”，别人差点儿夺走不动佛像，由此可见，吐蕃人更看重文成公主带去的觉阿佛像。
即使当时调换佛像这事真实存在的话，也非金城公主所为。将觉阿佛像（即释迦牟尼十二岁等身像）转移到大昭寺这事即使真实存在，也不是金城公主所为。而将不动金刚像（即释迦牟尼八岁等身像）转移到小昭寺这事即使真实存在，也不是金城公主所为。（柱间史甚至记载，是文成公主嘱咐、令吐蕃人将释迦牟尼十二岁等身像（即觉阿佛像）藏在大昭寺并画上文殊菩萨画像，以防止汉人夺走佛像……
大昭寺建造时曾以山羊驮土，因而最初的佛殿曾被命名为“羊土神变寺”。1409年，格鲁教派创始人宗喀巴大师为歌颂释迦牟尼的功德，召集藏传佛教各派僧众，在寺院举行了传昭大法会，后寺院改名为大昭寺。也有观点认为早在9世纪时已改称大昭寺。清朝时，大昭寺曾被称为“伊克昭庙”。
大昭寺历史上曾遭受两次灾难。公元7世纪后期，由信奉原始宗教苯教的贵族大臣发起的第一次禁佛运动，以及公元9世纪中期，由朗达玛发起的第二次禁佛运动，使大昭寺或沦为屠宰场，或遭到封闭，而释迦牟尼像两次被埋于地下。
大昭寺不仅仅是一座供奉众多佛
大昭寺前广场
像、圣物以使信徒们膜拜的殿堂，它还是佛教中关于宇宙的理想模式――坛城（曼陀罗）这一密宗义理立体而真实的再现。在大昭寺的正门入口处前面，有三根石柱。一根石柱上用汉藏两种文字刻着公元823年签订的唐蕃会盟书。
西藏的寺院多数归属于某一藏传佛教教派，而大昭寺则是各教派共尊的神圣寺院。西藏政教合一之后，“噶厦”的政府机构也设在大昭寺内。活佛转世的“金瓶掣签”仪式历来在大昭寺进行。 1995年，确定十一世班禅转世灵童的金瓶掣签仪式也是在这里举行的。
